這場形同對部落進行「政變」的逮捕行動，真相仍有待重建，除了對當事人與家屬造成衝擊，生命的軌跡永遠被改變，對部落的發展有何影響，如何在歷史上評價還有待研究。
從目前所存檔案來看，國民黨政府認定原住民族菁英與共產黨串通，準備在解放軍跨海攻臺時裡應外合，在證據上能否使叛亂案成立有很高的爭議性。牽涉本案的原住民族菁英們，實際上似乎更像在冷眼旁觀這場漢人之間的衝突，沒有明確證據可證明他們選擇了任何一方。
這種不主動涉入漢人衝突的做法與態度，從二二八事件時就是如此。當然，把鄒族與泰雅族部分菁英抹紅也可能只是藉口，真正的原因恐怕還是國民黨政府擔心地方勢力坐大，不利統治。
至於貪汙案，雖然賣掉村民不懂得用或不會用的肥料、棉布，或是借各種補助或貸款來周轉，但這可能意味著原住民族試圖將資源做最有效的利用，或者單純就是經濟困頓、現金不足。究竟最終是否用於部落族人的生活改善，無法從軍法審判的檔案中看出來。受限於目前的檔案，似乎仍無法篤定認為這不構成貪汙或侵占。然而，不論新美農場、農會籌備會究竟有沒有發生弊案，國民黨政府的追訴手段都是大有問題。
首先，在逮捕被告之後立刻宣傳其罪狀，控制輿論，形成未審先判，照劇本演出。後來判決結果如何都不重要了，因為在族人之間，這些人的形象已經跟犯人沒有兩樣。
而軍事審判必須交由上級長官核示的制度，更是讓不具審判者身分的人得以對判決結果上下其手的一道後門，即使後來形式上仍有軍事審判官依照核示意見作成新的判決，實際上被告享有依法審判的基本人權已經喪失殆盡。
此外，可以看到起訴書、判決書、審判筆錄裡，都沒有完整列出所考量的證據，也不知審判官是否有斟酌過證物的證明力，儘管有一張扣案帳簿列表，也未引用帳簿內的紀錄，甚至連內容是什麼都無法得知。筆錄能夠看到的就僅有訊問被告，但是一次僅訊問一人，經常出現互踢皮球或是一問三不知的狀況。因為共同被告之間往往會有利害衝突關係，此時須以保障被告的對質詰問權，讓被告有機會當庭反駁、釋疑，這是刑事訴訟的基本原則。本案的審理過程根本並未達到此一基本要求。
而軍事審判官每一次開庭時，雖然都有發函請軍事檢察官蒞庭，但筆錄裡從未出現軍事檢察官的發言，筆錄最後也沒有記載軍事檢察官的名字，恐怕是軍事檢察官從未蒞庭，共同被告也就沒有機會與軍事檢察官對辯，動搖其對自身的指控。同時會產生的另一個不利後果，即是軍事審判官「球員兼裁判」，在筆錄裡軍事審判官宛如現代包青天，既要負責控訴，又要負責審判，一路下來不用說無罪了，連想輕判都難如登天。
再論本案共同被告一共十人，卻只配到一位公設辯護人，案件事實又複雜，牽涉又廣，僅憑一位辯護人真的能夠符合實質有效辯護的標準嗎？還是形式上讓軍事審判官得以合法判處重刑而已？實際閱覽審判筆錄，從頭到尾公設辯護人只有在審判階段最後一次訊問所有被告時，有開口說話的紀錄，而且也只不過是唸出辯護狀的摘要罷了，是除了軍事檢察官外，另一位消失的關鍵人物。軍事檢察官或軍事審判官訊問被告時，明明都有發通知給公設辯護人，在筆錄所能重建的現場中，卻跟不存在一樣。
博尤．特士庫被控違反的《懲治貪汙條例》刑度甚高，他背的兩條罪，都是可處死刑、無期徒刑、七年以上有期徒刑的重罪[註1]，最後合併只被判了十七年有期徒刑或許算是幸運。儘管國民黨政府將該法視為軍刑法，但不代表一定要受軍事法院審判。
[註1]該法第三條規定如下：「有左列行為之一者，處死刑，無期徒刑，或七年以上有期徒刑。一、於前條第一款以外，剋扣或抑留不發職務上應行發給之財物者。二、盜賣侵占或竊取公有財物者。三、收募款項，或徵用土地民伕財物，從中舞弊者。四、對於職務上之行為，要求期約或收受賄賂或其他不正利益者。五、利用職務上之機會詐取財物者。六、對於主管或監督之事務直接或間接圖利者。七、對於非主管或監督之事務，而利用職權機會或身份圖利者。」
例如，高一生和農會籌備會主辦人蘇萬得曾經獲嘉義地方法院檢察處的不起訴處分書，因為沒有積極證據可以證明他們侵占一九五二年第一期換穀棉布。原本棉布換穀政策是國家用其他物資向農民換穀，收到的稻穀再轉配公教人員，而因為山地稻穀產量不大，只好讓各村用錢換布，再把拿到的款項拿去買米，充作公教人員食糧。
不過，這是一份遲來的不起訴處分書。嘉義地檢處檢察官作成處分書的那一天，一九五四年四月十七日，正好就是高一生被槍決的那一天。
嘉義山地治安指揮所也許知道這和保安司令部的判決結果相比，出入實在太大。因此在處分書寄到達邦村後，「為避免刺激山胞情緒」，叫達邦分駐所警員「退回」嘉義地檢處。而嘉義地檢處之所以會進行偵查，是省糧食局告發的，而且早在一九五二年十月二十一日就由嘉義地檢處併案辦理了。當時高一生才剛被逮捕一個多月，也尚未被保安司令部起訴。
可見觸犯《懲治貪汙條例》也未必要受軍事審判。而且為何軍事法庭和普通法院系統會互相搶案，沒有協調由誰審判呢？難道是保安司令部想要先下手為強，先判先贏嗎？說什麼也要置高一生等人於死地？
最後，本文絕大部分參考的資料都是國民黨政府留下的檔案，以及依據這些檔案所做的二手研究，只有少部分是當事人的訪談紀錄。而國民黨政府的檔案究竟可信度有多高，不僅是研究者，也是各位讀者必須時時提醒自己的問題。
