一九五二年九月這場逮捕行動幾乎針對鄒族菁英而來。其實這已經不是國民黨政府第一次找高一生與湯守仁算帳，早在一九四七年二二八事件時，兩人即已引起當局注意，因此鄒族菁英遭到全面逮捕的緣由，必須追溯到二二八事件。
當時，嘉義市參議員盧炳欽，以及在竹崎開業、經常上阿里山義診的醫師林立等人，請求吳鳳鄉長高一生派人下山支援。高一生派了二戰期間曾是關東軍軍官的湯守仁率隊下山維持治安。鄒族部隊曾經參與攻下紅毛埤軍械庫、圍堵水上機場等戰役，但因為與平地人裡的主和派意見不合，便帶著武器撤回阿里山，正巧躲過了之後嘉義市區的屠殺。
二二八事件落幕後，高一生和湯守仁被捕，幸好因庇護過外省籍的臺南縣長袁國欽，經他斡旋，高、湯二人得以辦理自新，並繳回部分武器，計有高射機關炮三門、機槍六挺，步槍二十枝、手槍七枝、刀劍三十三把及擲彈筒等，國民黨政府才暫時不再追究。
至於日治時期即已因同為原住民族菁英而與高一生相識的桃園泰雅族人林瑞昌，事件當時極力要求族人自制，不可參與平地的衝突，因此事後還獲得官方獎勵。
這些原住民菁英真正讓國民黨政府芒刺在背的，可能還不是參與平地的衝突，而是自治的要求。就在三月初二二八事件剛發生，鎮壓動亂的援軍抵臺之際，高一生曾經想邀請各族代表到南投商議，提出「高山自治」的要求，雖然後來因為邀請函被高雄要塞司令部查獲而並未召開；同年六月，林瑞昌也領導泰雅族人，陳情要求返回祖先居住的三峽大豹社。
一九四八年七月，可能是某種監控的手段，林瑞昌被聘為省政府諮議，住在臺北的山地會館。此時，簡吉和陳顯富開始接觸林瑞昌。簡吉是日治時期臺共黨員，後被中國共產黨臺灣省工作委員會的張志忠（臺籍）介紹入黨，當時由另一位省工委蔡孝乾（臺籍）依照同年舉行的「香港會議」決議，指派負責高山族工作，其實簡、蔡二人是日治時期農民組合的舊識。陳顯富同年八月才入黨，受簡吉領導，陳顯富對高山族問題頗有研究。簡、陳二人便是省工委會高山族工作的核心人物。
林瑞昌擔任省政府諮議，對於從事體制內原住民族運動頗為熱心，因此簡吉等人對林瑞昌的工作遲遲未見進展。就在同年十一月，林瑞昌成立了「臺灣省山地建設協會」，希望藉此串聯各族領袖，但理事長卻由官派的臺灣省山地行政處長王成章擔任，顯然國民黨政府對這個組織頗有戒心。
在南部的阿里山，袁國欽將新美、茶山等地日治時期州營牧場的土地撥給吳鳳鄉，即是日後的新美農場。一九四八年，鄉長高一生任命博尤．特士庫為場長，並遵照山地指導員劉劍秋（出身滿洲，諳日語，曾任林瑞昌的翻譯）的指導，並且在林瑞昌的幫助下，向省政府申請設立新美集體農場，一九四九年獲准，以向土地銀行貸款五十萬做為開墾經費。高一生並鼓勵族人移至農場開墾，發展定耕農業，還曾經為此做了好幾首歌。
至於高一生、湯守仁與省工委的接觸，已經是一九四九年的夏天。二人經由吳鳳鄉教員陳良壽引介而認識陳顯富。陳顯富並邀約湯守仁、林瑞昌與桃園縣警察高澤照，至臺北川端町月華園與簡吉會晤共兩次。而高一生與省工委的直接接觸，則是後述省工委成員逃亡入阿里山後的事了。
根據判決書的說法，林瑞昌和湯守仁在月華園當場被吸收，組織「高砂族自治委員會」，但是會後並未執行。不過判決書中亦提及，林瑞昌在接獲陳顯富的邀約後，曾經主動向保密局報告，該局組長黃朝君指示林瑞昌赴會，以打探簡吉等人動向。[註1]因此，應可認為林瑞昌並未答應要組織。又根據後來陳顯富被捕時所寫的〈當前共匪對高山族陰謀計劃〉，可以證實「高砂族自治委員會」根本沒有下文。
[註1]不過，經蔣介石核示、改判後的判決書並沒有提到林瑞昌有向黃朝君報告，也刪去了「會後並未執行」一句。
一九四九年九至十月間，省工委會山地工作委員會成立，成員有簡吉、陳顯富和魏如羅。此時，大批平地的省工委會幹部被逮捕，引發逃亡潮，許多人選擇逃入阿里山，因此山裡除了有山地工作委員會的陳顯富以外，還有另外一股共黨勢力。其中黃石巖、黃弘毅父子透過陳顯富安排，在湯守仁的協助下，經由嘉義市民生商店（經理方義仲）的管道入山。黃氏父子入山後，協助湯守仁開設樂野村食品工廠。前面提到的林立醫師，也在十一月時由簡吉和陳顯富介紹入黨，貸款五千元給湯守仁經營食品工廠。
一九四九年十二月，國民黨政府正式遷來臺北、林瑞昌遞補華清吉而擔任省參議員，他開始投入全部心力在問政上，從紀錄看來他還是沒有被共產黨的組織吸收。
一九五○年一月，蔡孝乾進入阿里山，要求湯守仁召集鄒族領袖在樂野村西神家開會，高一生亦與會。根據當時的判決書記載，會中「討論發展匪黨山地行政經濟等問題」並「當場散發反動宣傳單」。但是沒有資料顯示鄒族菁英與省工委會正式建立組織關係，甚至也沒有湯守仁被吸收入黨的證據，高一生甚至在會議中提出對共產黨解放的數點疑慮，湯守仁欲討論高山自治問題，也遭高一生反對。可見不論是月華園還是西神家會議，最多都只能說原住民族菁英仍在國、共雙方之間猶豫、觀望，等待對自己最有利的選項出現。
蔡孝乾下山回臺北後被捕，但隨即脫逃。一九五○年二月，蔡再度前往阿里山，並指示成立阿里山武裝支部（亦有檔案稱為樂野支部）。武器的來源也許有二二八事件帶回山上而沒有繳出的，但也可能是山地工作委員會和逃亡的省工委成員兩批人分別各自帶上山的。雖然判決書中並無記載阿里山上有過軍事訓練，但當時為樂野村長的武義德在訪談時表示，有人組織鄒族青年在山上進行訓練；曾負責偵辦省工委會案的前保密局特工莊西在著作手稿中亦提及湯守仁「訓練山民作戰」。因此，湯守仁雖未入黨，應已與地下黨員之間建立某種「軍事同盟」關係。
一九五○年三月一日，蔣介石在臺「復行視事」，在國民黨政權不穩定的氣氛中，不到一週，省政府主席兼保安司令部主任吳國楨三月七日下令，隔日起舉行全省山地清查，並發布〈致山地同胞書〉，呼籲踴躍參加行動。三月八日，清山行動在動員在地原住民青年組成的「山地青年服務隊」的情況下，一日之間完成。
此舉驚動了藏匿在阿里山中的省工委會成員，阿里山支部停止活動並疏散。四月底簡吉與蔡孝乾兩位要角雙雙落網，保安司令部應由此得知不少山上的活動情形。但阿里山支部瓦解後，林立的部屬許石柱反由平地轉入阿里山，並與湯守仁過從甚密。
全省戶口總檢查也在此時舉行，根據判決書的記載，五月時湯守仁命嘉義縣警局巡官汪清山（亦有出席西神家會議）不要檢查仍在山上的省工委會成員。而且政府上山逮人時須先向其通報。總檢查結束後，湯守仁才拿山上省工委會成員的身分證給汪補蓋檢查章。許石柱可能就是因此躲過總檢查。
七月十日，陳顯富被捕，九月十八日被判死刑，但保安司令部以不執行死刑為條件，勸誘陳顯富協助偵查，陳顯富接受了，還寫了一封日文信向湯守仁道歉並勸降。
同樣在九月，許石柱之弟劉水龍曾上山送錢給他，十月初，根本不是黨員的劉水龍在嘉義市被捕。劉水龍供稱，吳鳳鄉以高一生及湯守仁為首，藏匿二二八事件時奪取的大批武器，準備在中共攻臺之際做內應。許石柱和劉水龍的供詞，震撼了保安司令部，並將此事定調為「臺灣民主自治同盟阿里山匪黨武裝組織案」，即是日後所稱的「湯守仁等叛亂案」。
保安司令部曾就此事訊問同案被捕的林立等人，但林立卻說高、湯二人「不是共產黨，他們是法西斯主義者」。因為沒有更具體的情資，保安司令部偃旗息鼓，開始布線，繼續情蒐。
十月七日，保安司令部通知高雄縣警局逮捕湯守仁（當時是高雄縣旗山鎮山地警務室科員）；九日，又以省主席吳國楨名義召高一生至臺北面談。湯守仁被捕後，否認自己加入共黨組織，也說高一生「反對共產黨」；卻承認自己與陳顯富的關係並受其指示工作。保安司令部針對高一生就處理得非常小心，甚至安排了蔣經國（當時是國防部總政治局主任）召見，宣揚國民黨的正面形象，施展懷柔策略。
由於湯守仁的「匪嫌」較明顯，因此自願幫助保安司令部回阿里山誘捕許石柱。經請示同意後，十月十五日湯守仁簽下悔過書，並與高一生二人一同宣誓「貫徹政府命令，堅決為反共抗俄事業努力奮鬥」，且願意繳出武器。此次共計繳出機關炮彈箱、7mm機槍子彈三十箱、89式擲榴彈一箱、機槍子彈二箱、99式20mm機槍子彈二箱、迫擊炮彈五箱、25mm子彈三箱、手榴彈二箱、擲彈筒四枝、機關槍十枝；二人並擬定「肅清吳鳳鄉潛伏匪諜辦法」。
兩人之所以能夠辦理第二次自新，除了陳顯富勸降之外，林瑞昌似乎也有出面促成。自新之後，高一生回任鄉長，湯守仁被延攬進保安司令部任軍職。但是，早在二二八事件後第一次自新時，二人就已答應繳出武器，第二次自新又再繳出武器，便凸顯第一次自新「不誠」，種下禍根。
一九五○年底起，即便省工委山地委員會已遭瓦解，國民黨政府的情治系統仍進一步對山地進行更高層級的監控，不僅成立山地治安指揮所，連處理山地行政事務的單位也成為監控系統的一環。吳鳳鄉的指揮所雖由高一生擔任指揮官，但實權則掌握在副官陳世昌手中。
自一九五一年新的山地情治系統真正就緒起，湯守仁、高一生和林瑞昌的身邊已經布下天羅地網。例如，一九五一年七月開始，出身東北，懂日語的情治人員步凱，化名「路平」進入湯守仁經營的高興企業行，就近監視，定期報告湯的一舉一動。
同年十一月左右，又發生一起重大事件，高一生酒後不小心透露山上仍有未收繳的武器，再度被抓到「自新不誠」的小辮子。其實，自一九五○年十月高一生應允繳出武器後，阿里山上早已斷斷續續搜出藏匿的槍枝，亦成為日後高、湯二人被重判的原因之一。但前面已經提過，這些武器不一定都是二二八事件時湯守仁運回山上的，也有可能是山地工作委員會，和平地大逮捕時逃亡的省工委會成員們帶上山之後留下的；然而過去已有不良紀錄的鄒族菁英再怎麼辯解，或許都於事無補了。
就在一九五一年十二月二十八日，保安司令部呈請撤銷一九五○年高、湯二人自新，經國防部上呈行政院後，院長陳誠於一九五二年二月十一日准予撤銷，並授權保安司令部將叛亂與貪汙部分併案審辦，而這個併案審辦，涉及部落那幾年在行政管理已頻頻陷入的貪汙指控與調查，也造成博尤．特士庫無法脫身的根源。
