對於這個問題，我們可以分成兩個層次理解。首先，戒嚴時期因為軍事審判程序受到不當、甚至違法對待的人，並不只限於政治犯。戒嚴時期國家追訴犯罪與審判，都握在軍事機關（在博尤．特士庫的年代是保安司令部）手中，這種設計難以通過現代法治精神的檢視。我們可以想像，如果起訴與審判機關同一，而審判者心中早有判斷，那麼它將無法持平地外於起訴者與被告，仔細審理與斟酌雙方證據與主張，被告的訴訟權保障形同虛設。
此外，軍事機關的長官可以任其意志與喜好，左右下屬的判案決定。軍事審判很難像法院獨立於政治干擾之外，獨立地擔任審判角色。在本案中，明顯可見時任總統蔣介石、參謀總長周至柔和總統府參軍長桂永清影響案件的痕跡，這些影響因素並不只出現在政治案件中。因此，我們可以推論，由於審判程序瑕疵，是否真的有貪汙、貪汙程度是否與所受刑期相當，十分值得懷疑。補償基金會卻用這樣一個「有疑問」的判決做為拒絕申請的依據，因為這個判決「只是貪汙罪、不是情節嚴重的政治案件」就拒絕補償，並不合理。
另一個層次是，我們不能忽略博尤．特士庫與同案高一生等人案件之間的關係。早在偵查博尤．特士庫等人涉及的新美農場案或假冒農會名目案之前，保安司令部便已經擬好「高一生等貪汙案行動辦法」，打算以「貪汙」為名，將高一生等用叛亂事由入罪，「貪汙」只不過是一個名目。整個偵查過程最終的目的在於，以叛亂罪將高一生捕捉到案。因此，即使杜孝生最後未依叛亂罪起訴、判刑，在偵查、誘捕的前階段其實是被認定為叛亂對象。其於調查過程中所受的待遇，可能與叛亂犯未有不同，卻因為罪名而無法受到補償，不甚合理。
這個問題的答案，正是這次模擬憲法法庭的主題「轉型正義」。
轉型正義是國家處理並且回應過去政權大規模侵害人權的方式，目的在於透過究責與救濟受害者，肯認受害者的權利，促進公民間的信任與強化民主法治，以落實憲法所要求的自由民主憲政秩序。轉型正義有幾個重要的面向，包括「真相調查與公開」、「追究加害責任」、「受害者賠償」及「保證不再發生」等等。許多受難者與遺族的內心，因為威權統治時期造成的人權侵害，至今仍然傷痛、困惑、憤怒，在社會上與生活中，多年來遭受汙名化，這些不會因為「過了這麼久」而緩解。落實轉型正義，正是希望透過重新檢視這段歷史，讓社會的傷痕有痊癒的可能。
轉型正義也是落實「法治國原則」、「民主國原則」與保障人民權利等憲法原則的基礎。簡單來說，法治國原則要求國家在行使權力時，必須依照憲法、法律。轉型正義的目的，正是要重新檢討過去不符合憲法、法律的施政，矯正錯誤的行為。民主國原則要求國家應實現民主精神，因為人民才是直接、間接決定國家事務的主人，政府與其他團體都無法取代。戒嚴時期，人民無從參與公職人員的選舉與法律的制定，更無從討論「政治議題」，受到各種維繫統治者利益機制的限制。若不透過轉型正義，扭轉這些違反民主精神的實踐，對於臺灣未來民主制度的深化極其不利。最後，戒嚴時期政府以軍審制度與其他法令，體制性地侵害人民權利，必須要以轉型正義加以平反，並宣示以後不會再發生。
其中要特別強調的是，在法治國原則中有一項「不得溯及既往」的要求，避免國家用「現在」的法律評價「過去」的行為，讓人民無法依照法律事先規劃自己的行為，並預測政府的反應，因而造成人民對於法律的信賴產生動搖。是否可以使用不得溯及既往原則反駁轉型正義？我們是否可以說，由於現代的憲法價值與過去不一樣，因此不可以用現代的憲法理念，評斷過去的政府施政違憲？
我們認為答案是否定的。最根本的理由在於，過去的政府同樣受到一九四七年憲法的拘束。大法官在釋字第五六七號中也表示，非常時期的政府行為亦應實現權利保障。另外，不溯及既往原則並非是絕對標準，如果用此原則拘束國家重新檢討戒嚴時期大規模、全面性的人權侵害作為，等於是讓過去「不法」的狀態持續，並非維持人民信賴過去「合法」的政府行為。
如果承認國家有落實轉型正義工程的義務，接下來的問題可能會是，要做多少？
國家施政任務首先應考量事務性質的重要性，不能只用財政成本（例如動搖國本）做為判斷是否推動某個政策的基礎。轉型正義不僅有憲法的根據，也有撫平受難者、促進和解、重新凝聚社會的意義。我國戒嚴時期長達三十八年之久，社會大部分成員都曾歷過此段時期，就算不是政治犯，或多或少也受到不同程度的影響，甚至牽連。如果不能全面地一一糾正，很難讓政府機關與人民真正反省過去的不義舉措，更別說要在未來有所警戒並且「永不再犯」。人民在威權時期對政府累積的不信任無法消解，有礙於深化國家認同。因此，我們甚至可以說，不追求轉型正義，威權帶來的惡果反而時時刻刻在「動搖國本」。
由於轉型正義是蘊含於我國憲法下的價值理念，且所有政府機關都應履行憲法誡命，因此，不只立法者需要遵守轉型正義，其他機關也都有相當的義務。舉例而言，司法部門應該積極地解釋轉型正義的理念、闡述相關的法律爭議，供其他政治部門遵循，共同維護自由民主憲政秩序。
具體而言，在法律制定的範圍內，立法者有一定裁量權，得就國家財務狀況與具體事項的重要性、事件所涉權利侵害的嚴重性給予適當的處理方式。不過，這所涉及的，是「如何做」的問題，不是立法者可以免除特定案件「應否」為轉型正義的理由。舉例而言，不是所有戒嚴時期的司法判決都涉及軍審程序、違法採集證據或欠缺訴訟權保障之疑慮，人民之間的金錢糾紛（民商事案件），便有可能與國家不法行使公權力的關係較為遙遠（當然也可能有關，必須個案判斷）。因此，立法者在決定應落實何種轉型正義措施時，不需要以單一的方式處理各種不同類型的案件。但是，如果案件涉及人權侵害，立法者理當負起賦予人民救濟管道的責任。
我國憲法保障人民的國家賠償請求權。[註1]憲法要求國家必須在不法侵害人民權利時，提供一定法律設計、程序組織，讓人民可向國家請求賠償，確保人民的權利能有效實現。如果人民因國家違法所造成的權利侵害，卻無法請求賠償，等於是放任國家持續違法狀態且毋須負責，這並非法治國原則容許的現象。
憲法將設計申請國賠機制這個任務交給立法者，保留立法者的立法空間。不過，這不是說立法者可以恣意地決定什麼事由應賠償、什麼不用，如果因為法律設計不善，使得應受賠償的人民無管道救濟，便不是立法院自由裁量的範圍。事實上，補償條例名曰「補償」，已經背離了轉型正義意涵下的國家賠償精神。補償行為針對的是國家合法但不當的行為，也就是國家基於公益目的，符合比例原則的行為。[註2]國家選擇填補因這些行為受到限制的人民利益，我們稱之為補償。相反的，「賠償」則是要填補因為國家違法施政造成的人民權利侵害。兩者之間存在著國家合法與否的差異。立法者以補償條例救濟戒嚴體制下的人權侵害，等於是認為當時的所有作為皆合法（只是不當），這種見解與我國憲法所蘊含的憲政價值有所牴觸。
另外，從問題一的答覆中可以看到，博尤．特士庫雖然不是政治犯，但他當時適用的訴訟程序，歷經的偵查過程，均與同案政治犯（如高一生、湯守仁等人）有很大的重疊，卻因為法院判刑的依據是《懲治貪汙條例》就無法獲得補償，無疑忽略了貪汙犯案件中可能有的權利侵害，也未能掌握到威權統治存在的多種壓迫型態，不符合轉型正義之精神。
[註1]《憲法》第二十四條：「凡公務員違法侵害人民之自由或權利者，除依法律受懲戒外，應負刑事及民事責任。被害人民就其所受損害，並得依法律向國家請求賠償。」
[註2]比例原則有三個子原則，分別是國家採取的手段是否有助於達成目的（適當性原則或合目的性原則）、如果有多個手段可以達成目的，國家應該選擇對人民侵害最小的那一個（必要性原則或侵害最小原則）、國家採取的手段與人民遭受的侵害和希望達成的目的之間應該要相當（狹義比例原則）。
模擬憲法法庭雖然是民間組織，看似與政府機關的運作沒有關係。不過，藉由模擬憲法法庭受理轉型正義的案件，象徵著社會對轉型正義議題的關注與實質對話，進而間接地引導立法部門與其他政府機關的運作，對於政府運轉仍有一定意義。特別是在立法者還未推動修法、或正在進行時，模擬憲法法庭上的討論，有間接形塑立法內涵的可能。即使立法審議的層次也應有實質行動，亦不妨礙以其他方式創造社會交流與對話。
轉型正義的措施不僅限於賠償受害者，還包含（1）真相調查與檔案公開；（2）追究加害者責任；（3）其他制度改革。這些措施不但與賠償受害者一樣重要，更是賠償受害者時的必備制度。如果只有金錢賠償，而真相仍然未明，無法釐清造成人權侵害的加害責任，很難真正撫平受害者受到的身心傷痛，反而更像是一種金錢收買（事實上，受害者也時常因此在社會上受到汙名化）。
因此，必須透過完善的真相、歷史調查機制與檔案公開，才能正確地評價受害者所作所為是否與其所受刑度程度一致。如果僅以當時有問題的法院判決做為賠償依據，未重新思考判決本身的問題，就會一再出現本案或李媽兜案的情況。聲請模擬憲法法庭審理賠償案件，並不表示我們認為其他制度與措施不重要。我們認為在開啟賠償管道之餘，也應該搭配建置調查真相、究責等制度。
博尤．特士庫一案涉及原住民族群政治案件的特殊性。博尤．特士庫的貪汙案，其實是高一生、湯守仁、林瑞昌等人叛亂案的表面名目，保安司令部認為這些原住民族菁英因籌組「高山自治」，接觸共產黨人士（如簡吉、陳顯富），最後冠以叛亂罪嫌。然而，在一九五○年代變動的時局中，「高山自治」之主張，是要爭取原住民族自身政治地位，強化原住民族選擇自己前途的自主力量，而不是跟著漢人的國共糾葛隨波逐流。何況，相關檔案中亦無證據顯示高一生等人有參與中國共產黨臺灣省工作委員會的組織運作。不過，在所謂打擊「共產勢力」（以此包裝瓦解原住民族既有統治結構的深層目的）的大旗下，這些差異對國民黨政府而言，似也無足輕重了。
另外一項差異是，相較於漢人，原住民家屬除了承受來自於政府、社會對白色恐怖受難者之貶低氣氛外，長期以來形成的族群歧視，也對家屬們的人際關係、求職與其他生活面向造成了難以言喻的雙重傷害。譬如博尤．特士庫及他的家族，因為受白色恐怖案件波及而無法再待在鄒族社群，在漢人聚落中亦蒙受白色恐怖家族以及原住民族的雙重身分歧視，對於生命造成的傷害更加沈重且複雜。轉型正義看似在民主化後有了突破的窗口，但要如何一一平反關於原住民族的轉型正義問題，實屬相當困難的工程。
原住民族的受難經驗，應如何在中華民國憲法下加以理解？一九四七年制定的中華民國憲法，雖然有當時是臺灣省的代表參與，但欠缺原住民族的聲音，而原住民族卻受憲法效力所及，因此該部憲法在原住民族代表性上確有疑慮。不過，在一九九○年代的民主化過程中，揉合原住民族自治、多元文化論述所展開的民主運動，已經影響了社會意識。一九九七年憲法修正時，多元文化主義與尊重原住民文化也納入憲法增修條文的具體內容。這些歷史實踐已實質改造中華民國憲法的內容。原住民族群地位不再是邊緣的存在，亦是中華民國憲法應實質保障的主體。原住民族群因為戒嚴時期所受到的傷害，也應該在憲法框架下受到充分評價與填補。
對於這個問題，不同民間團體曾提出不同的看法。我們認為，高一生等人盡畢生力量追求原住民族自治卻遭到壓制與撲滅，一方面反映出國民黨政府對於權利保障（如言論自由）的漠視，而這正是轉型正義要處理的核心之一。另一方面也呈現出，原住民族群長期以來承受的壓迫與邊緣化。進一步來說，轉型正義旨在處理從威權過渡到民主過程中，如何面對過往人權侵害的正義問題，因此，原住民族受到的威權侵害當然也是轉型正義應處理的問題。原住民族相對於漢人居於次等地位，以及漢人看待原住民族的歧視眼光，固然加劇戒嚴時期威權政體透過司法系統追訴和整治的效應，因此必須在轉型正義工程中切合原住民族問題的脈絡來加以處理。但是，誠如高一生等人，希望以強健、自主的政治力量改善歧視，並實現自我治理的理想，這些價值不僅僅是威權轉型的問題，更需進一步結合原住民族基本法、各種社會制度的調整，甚至是自治框架來加以落實。
