一九五○年三月，蔣介石「復行視事」；六月底，韓戰爆發。蔣介石政權憑藉著臺灣的特殊戰略地位，重新獲得美方的支持和庇護，美國第七艦隊進駐臺灣海峽，國民黨政府轉危為安，得以在情治單位投入更多心力，以對付左翼及本土反抗勢力。在這一波掃蕩行動中，省工委節節敗退。
「願最後以臺灣省工委的資格，對全省中共黨員進一忠告」、「希望大家立刻依照政府規定的自首辦法，自動交出一切組織關係」、「終結工委會自成立以來的發展」、「以迅速終結整個案件，而澄清臺灣的社會局面」。在這一個暫時性的安身之處，破舊宿舍木質地板上放著五月十四日的《中央日報》，刊登了蔡孝乾、陳澤民、洪幼樵以及張志忠等四人的照片，以及附有親筆簽名、聯名發表的「告臺灣全省中共黨員書」。
臺南鹽水鎮支部的組織幹部蔡榮獄是新營區竹仔腳派出所員警，李媽兜藏匿到他家裡，打算靜下心好好地盤點當前組織狀況及資源，以及思考當前困境底下組織未來的發展策略，但是挫敗感與無力感攪亂了他的思路。「告臺灣全省中共黨員書」造成巨大的反差，相較於上次會面，蔡孝乾還曾詢問李媽兜需要多少錢、有多少人吃飯，並且給了他一千多元的組織維持費用，那時的李媽兜心裡還帶著些許希望與鬥志，反觀此際的心理狀況卻是如此矛盾混亂。
此時的蔡孝乾已經全然為國民黨政府所利用。五月三十一日，蔡孝乾透過「自由中國之聲」在空軍及軍中電臺進行聯播，蔡孝乾在廣播中表達懺悔之意，也呼籲中國共產黨應該盡速放棄「解放臺灣」的美夢。根據其他幹部的情報蒐集，這廣播確實也透過「正義之聲」在中國大陸地區播放。壓境般的頹勢來得如此突然，組織幹部的士氣宛若墜落谷底。
蔡孝乾之所以被發現行蹤而遭逮捕，主因是當局從《光明報》及「學生工作委員會」循線將北部組織逐一擊破。自從蔡孝乾被逮捕之後，國防部保密局根據其供述，陸續逮捕吳石、劉晉鈺、朱諶之、嚴秀峰等組織成員，省工委的領導機關幾乎全面覆滅，因此僅存的地方黨員不得以只好採取分區領導的運作方式。然而，縱使如此低調隱蔽，不少地方組織仍然難逃慘遭破獲的命運。就在政府以廣播播放蔡孝乾喊話的同一日，麻豆支部被破獲，共計有三十六人被捕，其中謝瑞仁、蔡國禮以及張水木等三人在不久之後被判處死刑。
這波大規模的掃蕩行動，由李媽兜領導的大內支部、石仔瀨支部、鳴頭支部也在七月相繼遭破，共有二十三人被捕，但李媽兜卻始終未落網，於是在七月二十三日，總統府機要室資料組特就本案發函保安司令部，要求盡速嚴緝李媽兜歸案。保安司令部決定同時採取縱向及橫向聯繫，會同國防部保密局、內政部調查局臺南縣市及高雄縣調查站、保安司令部臺南組及高雄組、臺南縣市及高雄市警局以及憲兵第一團等單位共同成立專案小組，全力緝拿李媽兜歸案。在這天羅地網之下，誰也難以逃脫，兩個月之間，玉井支部楊鬧雲等二十人、臺南後崛基地李凱南等十六人，率皆遭當局逮捕歸案。隔年，一九五一年五月，臺南縣新豐分局在戶口突檢時，意外捕獲偽造國民身分證的臺南工委會重要幹部陳文山，從其供述又逮捕關廟鄉人楊德政等十一人。
「立刻遵照政府所公布的自首辦法」、「向政府所指示的地點投案自首」、「走向光明道路」。一九五一年十月九日，保安司令部在《臺灣新生報》再度刊載了蔡孝乾的「新作」，這篇「正告匪諜書」再次針對「匪諜」或「附匪分子」進行呼籲。此外，這次還刊登了國防部於九月分頒布的《共匪及附匪分子自首辦法》以及《檢舉匪諜獎勵辦法》。
同年十一月十八日，《中央日報》刊載保安司令部所公布的首批「尚未自首『潛匪』名單」，計有林元枝、李媽兜、李漢堂、李瑞東、陳篡地、陳通和、陳本江、陳明新、葉城松、呂赫若、張璧坤以及王忠賢等數十人，李媽兜名列第二。治安當局還在該報上強調：「敞開仁慈大門促其依限自首」、「並盼社會人士密切注意檢舉」。
*
藉由使李媽兜各個幹部「自新」或「自首」，當局獲得為數不少的情報，得以修補情報網絡的闕漏，進而提升搜查行動的品質與效率。由於李媽兜神出鬼沒，儘管各種情報略顯片斷，但專案小組仍能不定時地根據關鍵情報，進行機動性布置或調整，包括指派臺南市警察局於二層行溪常駐偵查，並督導刑警隊在各據點張貼李媽兜及陳淑端的照片。
當局之所以鎖定陳淑端，無非係基於特定情資 ── 陳淑端曾代替李媽兜進行通訊聯絡，並曾陪同至各地出席組織會議，因此情治單位認定其關係非比尋常，據此研判若能捕獲陳淑端，勢必亦可破獲地下組織，甚至是「匪首」李媽兜本人。
陳淑端為臺南縣善化人，與李媽兜年齡相差二十七歲，長榮女子中學畢業，家庭務農。於一九四九年初經由陳福星之妻黃金鸞介紹而認識當時化名「林飛鴻」、自稱是生奶肉醬生意商人的李媽兜。陳淑端話不多，不喜交朋友，卻與李媽兜特別投緣，時常相約看電影。或許因為同樣出身自貧窮農家，有相似成長背景，兩人對於社會問題常有共鳴，情愫日漸而生。縱然李媽兜對於組織身分及行動仍有隱瞞，兩人之間卻仍已有革命情感。一九五○年四月底，玉井隱蔽基地被破，陳淑端父親遭連累，陳淑端於是離家隨同李媽兜逃亡。
對李媽兜來說，逃亡初期雖然居無定所，但當時情治單位情報蒐集能力不足，不可能查獲，而且有陳淑端相隨，兩人浪跡天涯且能相互扶持，頗有革命鴛鴦之意氣。然而，自從蔡孝乾以及昔日幹部「自新」或「自首」之後，當局情報網絡能力大增，逃避追捕愈顯吃力。逃亡期間時常更換藏匿地點，又拖累了不少人，包括黃金鸞、陳淑端之姊妹陳秀雲以及李媽兜親姪李金順。姪兒被逮捕的遭遇，令李媽兜不禁憂慮，自己的革命旅程是否也會連累一旁的愛人陳淑端。為了不波及陳淑端，李媽兜不曾要求她入黨，許多工作細節也不讓她知悉。
也許想起當年前往香港會議的與會經驗，當時的香港給了他極好的印象。眼下的局勢，組織發展困難導致藏匿不易，經濟來源斷絕日漸困頓，於是決定力求一拚，策劃偷渡前往香港。畢竟，就算在香港流浪，也總比在臺灣朝不保夕的處境來得好，就算無法在香港生存，也可以進入中國大陸。
一九五二年初春，經過熟人介紹，李媽兜將購船事宜處理妥當，與陳淑端、李義成以及船員等六人於二月十五日下午七點多從紅毛港乘坐竹筏出海，兩小時後在海面轉乘高雄籍漁船前往香港，卻意外在海上遇到查緝。由於該漁船並無出入港登記簿，又無捕魚工具，乘客也皆無身分證明文件，引起查緝人員懷疑，全數逮捕。在被捕之前，李媽兜原本有意跳海尋求一死，卻被旁人拉住。
*
對於甫遭逮捕的陳淑端來說，此際最令她擔心的，便是肚子裡疑似有了李媽兜的孩子。
「你既然知道後悔？那麼你應當怎樣來洗刷你的已往的事呢？」偵訊人員語帶斥責地問道。
「我想肚子內的孩子要墜下來，不過這事情是犯法的，還是生產之後要殺死孩子，不要他的有血統的東西在我身邊。」不知道陳淑端冷漠決絕的口氣，是不是嚇到了偵訊人員。
「現在你是否有孕，須等待醫生檢查後才能決定，但是現在是不能這樣判斷的。」或許擔心影響嫌犯情緒及偵辦進度，偵訊人員語氣轉為和緩，有意避免激怒陳淑端。
「前月月經來完的日子是一月十三號，應該今月的十三號月經是要來的，有差了三、四天，不過以前也有這樣子，有的慢一點來，有的快一點來，所以我現在是否有孕，我自己還不確定的。」
在簡略的偵訊筆錄中，此事遺留下來的線索極為稀少，無法斷定究竟陳淑端是否有孕，也無法瞭解李媽兜是否知情，又是否成為李媽兜決定自新的原因。雖然有傳言陳淑端為李媽兜生下一個兒子，然而，後世存有再多的疑問與假設，礙於線索極為有限，真實情況為何難以查證。只知道在自白書中自承「求學時代是沒有思想好像一張白紙一樣」的陳淑端，從此成為叛亂犯。
